La plupart des rapports examinés par l’Assemblée en session plénière ou par la Commission permanente sont préparés par une commission. Les neuf commissions générales de l’Assemblée sont:
- Commission des questions politiques et de la démocratie (AS/Pol)
- Commission des questions juridiques et des droits de l’homme (AS/Jur)
- Commission des questions sociales, de la santé et du développement durable (AS/Soc)
- Commission des migrations, des réfugiés et des personnes déplacées (AS/Mig)
- Commission de la culture, de la science, de l’éducation et des médias (AS/Cult)
- Commission sur l’égalité et la non-discrimination (AS/Ega)
- Commission de suivi (AS/Mon)
- Commission du Règlement, des immunités et des affaires institutionnelles (AS/Pro)
- Commission sur l’élection des juges à la Cour européenne des droits de l’homme (AS/Cdh)
En outre, la plupart des commissions ont des sous-commissions sur des thèmes spécifiques, et peuvent créer des commissions ad hoc pour des activités particulières. Toutes les commissions se réunissent pendant les parties de session, et pratiquement toutes tiennent au moins une réunion entre les parties de session, généralement à Paris.
De nombreuses activités de l’Assemblée ont lieu au niveau des commissions. Les membres peuvent être soit titulaires, soit remplaçants dans les commissions, mais ne peuvent pas être titulaires dans plus de deux commissions (sauf pour les commissions de suivi, du Règlement et sur l’élection des juges).
La plupart des débats en Assemblée plénière ou en Commission permanente se fondent sur les rapports des commissions. Ceux-ci sont élaborés (en anglais et en français) et présentés par un rapporteur, avec l’assistance du Secrétariat.
De nombreux rapports de l’Assemblée ont un grand retentissement dans les médias, suscitent des réactions directes de la part des gouvernements et engendrent des changements politiques (comme le rapport sur les allégations de détentions secrètes dans des Etats membres du Conseil de l’Europe, préparé par le Sénateur suisse Dick Marty). L’adoption d’un texte par l’Assemblée ne constitue pas la fin du processus. Depuis la réforme de l’Assemblée en 2011, le rapporteur et la commission concernée sont chargés de vérifier la mise en œuvre des mesures qui y sont proposées pendant les 12 mois suivant l’adoption du texte.
En outre, les commissions peuvent désigner des rapporteurs généraux pour couvrir un domaine ou sujet particulier, afin de promouvoir les décisions de l’Assemblée en la matière.